由于原水对处理后水质影响很大，国家环保总局于1999年颁布《地表水环境质量标准》（GHZB-1999）。该标准规定项目为75项，其中基本项目31项，特定项目4项以及控制地表水Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ类水与有机化学物质项目40项。
依据地表水使用目的和保护目标，水域划分为5类：
I类主要适用于源头水，国家自然保护区。
Ⅱ类主要适用于集中式生活饮用水水源地一级保护区、珍贵鱼类保护区，鱼虾产卵场等。
Ⅲ类主要适用于集中式生活饮用水水源地二级保护区、一般鱼类保护区及游泳区。
Ⅳ类主要适用于一般工业用水及人体非直接接触的娱乐用水区。
V类  主要适用于农业用水区及一般景观要求水域。