沉淀池运行管理的基本要求是保证各项设备安全完好，反渗透纯水处理设备生产厂家及时调控各项运行控制参数，保证出水水质达到规定的指标。为此，反渗透纯水处理设备应着重做好以下几方面工作避免短流  进入沉淀池的水流，在池中停留的时间通常并不相同，纯水处理设备生产厂家一部分水的停留时间小于设计停留时间，很快流出池外另一部分则停留时间大于设计停留时间，这种停留时间不相同的现象叫短流。
短流使一部分水的停留时间缩短，反渗透纯水处理设备生产厂家得不到充分沉淀，降低了沉淀效率另一部分水的停留时间可能很长，反渗透纯水处理设备甚至出现水流基本停滞不动的死水区，减少了沉淀池的有效容积，死水区易滋生藻类。总之短流是影响沉淀池出水水质的主要原因之一。
形成短流的原因很多，纯水处理设备生产厂家为避免短流，可采取以下措施。一是在设计中尽量采取一些措施。如采用合理的进水分配装置，以消除进口射流，使水流均匀分布在沉淀池的过水断面上降低紊流产生，水处理设备生产厂家防止污泥区附近的流速过大增加溢流堰的长度沉淀池加盖或设置隔墙，以降低池水受风力和光照升温的影响高浓度水经过预沉淀等。
是加强运行管理，应严格检查出水堰是否平直，发现问题，要及时修理。
另外，在运行中，浮渣可能堵塞部分溢流堰口，致使整个出流堰的单位长度溢流量不等而产生水流抽吸，操作人员应及时清理堰口上的浮渣。通过采取上述措施，可使沉淀池的短流现象降低到最小限度。
及时排泥  及时排泥是沉淀池运行管理中极为重要的工作，污水处理过程中沉淀池中所含污泥量较多，且绝大部分为有机物，如不及时排泥，就会产生厌氧发酵，致使污泥上浮，不仅破坏了沉淀池的正常工作，而且使出水水质恶化。
二次沉淀池排泥周期一般不宜超过2h。当排泥不彻底时应停止工作，采用人工冲洗的方法彻底清除污泥，机械排泥的沉淀池要加强排泥设备。
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